Die BLE ist eine zentrale Umsetzungsbehörde im Geschäftsbereich des Bundesministeriums für Ernährung und Landwirtschaft (BMEL). Sie fördert und betreut als Projektträger im Auftrag des BMEL zahlreiche nationale und internationale Projekte entlang der gesamten landwirtschaftlichen Wertschöpfungskette. Darüber hinaus ist der ptble auch für das Bundesministerium für Umwelt, Naturschutz, nukleare Sicherheit und Verbraucherschutz (BMUV), das Bundesministerium für Gesundheit (BMG) und das Bundesministerium der Justiz (BMJ) tätig.